Stiel- und Traubeneiche sind Spermatophyta, also Samenpflanzen. Diese Abteilung ist aufgeteilt in die Unterabteilungen Gymno- (Nacktsamige) und Angiospermae (Bedecktsamige Pflanzen). Eichen gehören den Angiospermae an und hier in die Klasse Dicotyledoneae (Zweikeimblättrige Pflanzen), wo sie in der Unterklasse Hamamelidiae (Kätzchenblütler) eingeordnet werden. Diese Unterklasse gliedert sich in fünf Ordnungen, wobei unsere Eichen in die Ordnung Fagales fallen, welche aus den drei Familien Fagaceae (Buchengewächse), Betulaceae (Birkengewächse) und Corylaceae (Haselnussgewächse) besteht. Die Gattung Quercus L., welcher sowohl Stiel- als auch Traubeneiche angehören, ist Teil der Familie der Buchengewächse.
Innerhalb der Gattung Quercus ist die Unterscheidung von Arten nicht immer einfach, was an der hohen Merkmalsvariation einiger Sippen und der häufigen Möglichkeit zur Bastardisierung liegt. Ob es sich bei Stiel- und Traubeneiche um zwei verschiedene Arten oder lediglich unterschiedliche Sippen handelt, wird derzeit kontrovers diskutiert. Quercus robur und Quercus petraea sind experimentell kreuzbar, wobei die Bestäubung von Stieleichen mit Traubeneichen häufiger erfolgreich ist, als die reziproke Kreuzung, welche sich als weitgehend inkompatibel herausgestellt hat (23).
Taxonomische Einordnung von Stiel- und Traubeneiche